Šakotąjį varpenį (Botrychium matricariifolium) Lietuvoje galima išvysti vos keliose vietose. Viena iš jų yra Ilgašilio botaniniame-zoologiniame draustinyje. Čia šią retą rūšį dar 1998 m. aptiko garsus Lietuvos gamtininkas dr. Bronius Šablevičius. Lietuvoje iš viso aptinkamos 5 varpenių rūšys ir 4 iš jų įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą. Šakotasis varpenis priskiriamas 1 (E) kategorijai, o tai reiškia, kad rūšis yra ties išnykimo riba ir ją galima išsaugoti tik naudojant specialias apsaugos priemones. Už šakotąjį varpenį retesnis yra tik mažasis varpenis (Botrychium simplex) ir yra priskiriamas taip pačiai 1 (E) kategorijai.

Sartų regioninio parko direkcija jau 10 metų prižiūri ir tvarko šakotojo varpenio augavietę. Jei ne specialios priemonės labai tikėtina, kad šakotieji varpeniai Sartų reginiame parke jau būtų išnykę. Didžiausią grėsmę kelia augavietėje išplitusi svetimžemė rūšis - putinlapiai pūsleniai. Nenaikinami šie krūmai labai greitai užgožtų visą augavietę. Taikomos tvarkymo priemonės jau duoda gerus rezultatus. Šakotieji varpeniai aptinkami didesniame plote nei prieš 15 metų. Šiemet, beveik 100 m ilgio, 2-3 metrų pločio atkarpoje registruoti 74 šakotieji varpeniai.

Šakotasis varpenis: